Le Diocèse de Ruhengeri compte actuellement 16 paroisses réparties en 4 doyennés. Suivant l’ordre chronologique (date de fondation), ces paroisses sont les suivantes: Rwaza (1903), Janja (1935), Nemba (1938), Kinoni (1951), Ruhengeri (1954), Runaba (1956), Busogo (1963), Nyakinama (1970), Kampanga (1986), Gahunga (1986), Mwange (1986), Bumara (2012) et Butete (2014), Murama (2019), Kanaba (2020), Busengo (2022). Les doyennés sont répartis comme suit: Rwaza (comprenant les paroisses de Rwaza, Bumara, Busengo et Janja), Ruhengeri (comprenant les paroisses de la Cathédrale de Ruhengeri, Nyakinama, Busogo, Murama et les communautés sacerdotales de l’évêché et de Musanze), Kampanga (comprenant les paroisses de Kampanga, Gahunga, Kinoni, Butete et la communauté sacerdotale du Petit Séminaire de Nkumba), Mwange (comprenant les paroisses de Mwange, Runaba, Kanaba et Nemba).
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